Su nombre hace referencia al naturalista británico Charles Darwin (1809-1882), el naturalista que mejor contribuyó a la aceptación internacional de la teoría de la evolución.

Ese año Kots comenzó a impartir clases en la Universidad para Mujeres de Moscú, invitado por Nikolái Koltsov y por Piotr Sushkin.

Durante este periodo el museo fue impulsado por sus fundadores A. F. Kots, N. N. Ladygina-Kots,[1]​ Vasili Vataguin y F. E.

En 1995 se inauguró la nueva sede del museo, cuya construcción duró veinte años.

El museo presenta exposiciones audiovisuales, como "Planeta Vivo" o el Centro Multimedia "Eco-Moscú"; películas en una sala de conferencias; cine 3D; y un planetario digital.