La fundación y los trabajos de elaboración de la exposición del museo del Pitagoreo tuvieron lugar entre 2003 y 2009.
[1] El museo contiene una colección de piezas arqueológicas procedentes de la antigua ciudad de Samos y del área circundante que abarcan periodos comprendidos entre el cuarto milenio a. C. y el siglo VII.
En el espacio al aire libre del museo hay una serie de elementos arquitectónicos y una sección excavada del casco histórico de la antigua ciudad.
Entre los objetos más destacados se hallan numerosas obras del siglo VI a. C.: un gran sarcófago de mármol en forma de edificio; una estatua de Eaces, padre de Polícrates, cuya inscripción indica que fue dedicada a Hera con la décima parte de las ganancias que obtuvo de la piratería; una estela funeraria decorada con una palmeta y con una inscripción que menciona a Diágoras de Delos y una píxide con la representación de la boda de Heracles y Hebe, a la que asisten los principales dioses olímpicos.
De la época romana destacan las estatuas de los emperadores Trajano —esta de tamaño mayor al natural—, Claudio y Augusto y del periodo bizantino sobresale un tesoro de 300 monedas del siglo VII.