Este museo arqueológico fue construido en 1970, bajo la dirección del arquitecto Pavlos Mylonas, e inaugurado en 1978.
Entre 2005 y 2007 se reelaboró la exposición del museo.
[3] En la antesala del museo hay una serie de esculturas y columnas honoríficas, entre otros objetos, así como información sobre la historia de las excavaciones y material fotográfico.
A su vez, la primera sección se subdivide en diversas unidades temáticas: las ofrendas votivas (figurillas, armaduras, piezas de cerámica, trípodes de bronce, entre otras), los elementos arquitectónicos y escultóricos del templo de Poseidón, los Juegos Ístmicos, el heroon de Palemón, el teatro y las cuevas sagradas, el comercio, el asentamiento helenístico de Rají —ubicado en la cima de una colina que hay al sur del yacimiento de Istmia—, otros templos del santuario —como el de Deméter y Coré, el de Dioniso y otros, del mismo área del santuario—, las necrópolis —que incluyen algunas prehistóricas—, la muralla de Hexamilion y las termas romanas.
Entre los objetos singulares más llamativos se encuentra un perirranterio de época arcaica.