Fue fundado en 1828 por Ioannis Kapodistrias, el primer gobernador de Grecia independiente.
Posteriormente, la colección fue albergada en diversos edificios hasta que en 1980 se construyó el edificio actual, ubicado en el yacimiento arqueológico de Kolona.
Está previsto un próximo traslado al primitivo orfanato donde estuvo en su origen.
[1] El museo contiene una colección de periodos comprendidos entre la prehistoria y la época romana y donde destacan los encontrados en el yacimiento arqueológico de Kolona.
También es muy importante una inscripción referente al templo de Afaya.