El Museo Municipal de Baza debe su origen, sin duda, a la arqueología.

Ya en 1945, siendo Comisario Local de Excavaciones el notario D. Angel Casas Morales se planteó la conveniencia de crear un museo arqueológico en Baza en donde se expusiesen los hallazgos producidos durante las excavaciones que el citado comisario venía realizando por aquel entonces en Cerro Cepero, yacimiento arqueológico que él ya citaba acertadamente como el solar de la antigua Basti: “Cerro Cepero, encontrado el viejo solar de nuestros antepasados que fue capital de la Bastitania y se han cortado distintos niveles de la edad de piedra, poblado ibérico, elementos púnicos y un piso superior romano”.

Mientras tanto, en 1983 el Ayuntamiento de Baza compra un lote de piezas a un coleccionista local, D Lupe E. Llorente Llorente, por un valor de 200.000 pesetas, procedentes del entorno de Cerro Cepero, Cerro Santuario y Cerro Largo, en el que aquel posee tierras.

En ese mismo año se abre el Museo de Baza en las dependencias recién rehabilitadas del antiguo Ayuntamiento de la ciudad.

Su sede ocupa dos edificios históricos contiguos del siglo XVI.