La primera mención en documentos ocurre en el año 1150 y en 1350 se le concede el derecho de mercado semanal.

g Durante la Guerra de los Treinta Años fue ocupada por tropas suecas y francesas.

A mediados del siglo XIX un incendio destruyó casi en su totalidad la ciudad.

En la primera mitad del siglo XX, Murnau atrajo a muchos artistas, notablemente al pintor Vasily Kandinsky, la pintora Gabriele Münter, el autor Ödön von Horváth y otros literatos y actores.

Christoph Probst, miembro de la Rosa Blanca que fue ejecutado por los nazis, nació en la ciudad.