Finalmente volvió a ser sometida por Roma, pero se reveló cuando Marco Claudio Marcelo partió de Sicilia en 211 a. C. El pretor Marco Cornelio Cetego, la recuperó y la ciudad y su territorio fueron entregados a un cuerpo de mercenarios de Hispania, dirigidos por Mericus,[8] que habían desertado del ejército cartaginés y se habían pasado al bando romano.Durante la segunda guerra servil, en el año 102 a. C., fue asediada por los líderes rebeldes Trifón y Atenión, que finalmente se vieron obligados a levantar el sitio.[11] También menciona el maltrato al que se sometió a un ciudadano de Murgantia para conseguir el pago del diezmo.[12] En tiempos de Estrabón (finales del siglo I a. C.) la ciudad había sido abandonada,[13] hecho que ha confirmado la arqueología.Allí se han hallado restos de las épocas arcaica, clásica y helenística entre los que se hallan el ágora, un santuario de Deméter y Coré, un teatro helenístico, un mercado romano (macellum) y un barrio residencial del periodo helenístico con decoraciones de mosaicos.
La Diosa de Morgantina, que se ha fechado hacia 425-400 a. C.
