Está ubicado en las coordenadas 19°41” latitud norte y 96°55” longitud oeste, y cuenta con una altura de 1.820 m s. n. m. Su cabecera es la localidad de Tonayán.
[3] El municipio lo conforman veintidós localidades en las cuales habitan 5,293 personas.
El nombre proviene del lenguaje náhuatl, Tonali-tona-yan; que significa “Lugar Donde Amanece".
Tonayán tiene un clima templado y un poco húmedo con abundantes lluvias en verano y algunas más en otoño e invierno.
El municipio de Tonayán celebra sus tradicionales fiestas en honor de san Pedro Apóstol en el mes de junio.