Está ubicado en las coordenadas 19°42” latitud norte y 96°52” longitud oeste, y cuenta con una altura de 1.800 m s. n. m.[4] Es un municipio categorizado como urbano conformado por 13 localidades en las cuales habitan 5.526 personas, que son: Miahuatlán, Carolino Anaya, Reforma, Cumbre del Jonatal, Dos Jacales, Loma Alta, Jonatal, Bella Unión, Rancho Alegre, Yerba Buena, Pie de la Cuesta, Mata Oscura y Bartolo García.
Según los primeros habitantes hallaron unas plantas de maíz en floración al llegar a este territorio.
En 1900 se expide el Decreto que aprueba el convenio sobre límites entre los municipios de San José Miahuatlán y Tonayán.
El ecosistema del municipio es bosque perennifolio con encinos, donde se desarrolla una fauna compuesta por poblaciones de mamíferos, aves y reptiles.
Este municipio está situado en el eje neovolcanico transversal, el cual atraviesa el estado en su porsion central y sigue una dirección este-oeste y se extiende desde el sur de papantla hasta el norte de córdoba.
La localidad está unida por avenidas y calles siendo el mayor centro económico del municipio.