San Martín Toxpalan pertenece a la provincia de la Sierra Madre del Sur.
[5] El tipo de relieve predominante es la planicie o meseta.
[5] El río más importante de la demarcación es el río San Martín, que nace en el propio municipio y que irriga a los ríos Salado y Grande.
El clima del municipio es templado subhúmedo con lluvias en verano en el 38 % de su territorio, semicálido subhúmedo con lluvias en verano en el 25 %, seco muy cálido y cálido en el 22 % y semiseco muy cálido y cálido en el 15 % restante; el clima templado húmedo con abundantes lluvias en verano igualmente está presente, pero representa menos del 0.5 % de la demarcación.
[5][6] De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 3669 personas, repartidas entre 11 localidades.