El muniicipio se encuentra al sur del estado, en las altitudes de la Sierra Madre del Sur, lo que hace sumamente accidentado su territorio y complica sus comunicaciones.
Al norte limita con el municipio de San Pedro Mixtepec -Distrito 26-, al este con el municipio de San Carlos Yautepec y el municipio de San Miguel del Puerto, al sur con el municipio de Santiago Xanica y al oeste con el municipio de Santa María Ozolotepec y el municipio de Santo Domingo Ozolotepec; a su vez, al centro del municipio se encuentra enclavado y, por tanto, totalmente rodeado por este, el municipio de San Francisco Ozolotepec.
La población total del municipio de acuerdo con el Censo de Población y Vivienda realizado en 2010 por el Instituto Nacional de Estadística y Geografía, es de 3 168 habitantes.
[1] La densidad de población asciende a un total de 15.28 personas por kilómetro cuadrado.
El municipio se encuentra formado por quince localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de San Juan Ozolotepec se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: