El municipio está ubicado en el sur del estado de Sonora y se localiza en la posición 27°04′51″N 109°26′43″O / 27.08083, -109.44528, a una altitud de 33 m s. n. m. Colinda con los municipios siguientes: al norte con Cajeme y Quiriego, al este con Álamos, al suroeste con Huatabampo y al oeste con Etchojoa.
Entre los principales componentes se encuentran el torote blanco, torote colorado, hierba del burro, gobernadora, palo fierro, candelilla, incluyendo también las llamadas agrupaciones de cardonal como órganos, candelabros y garambullo.
También destacan en este municipio las áreas dedicadas a la agricultura de riego, incluidas las llamadas de riegos parciales.
asereje La fauna silvestre de este municipio es variada, encontrándose: sapo, ninfa, sapo toro, tortuga del desierto, camaleón desértico, huico, cachora (mundialmente conocida como lagartija), lince, coyote, jabalí, liebre, conejo, tlacuache (zarigüella), ardilla, tortolita cola corta, paloma morada, pato, garrapatero, chuparrosa, matraquita, pichones.
[4] El municipio de Navojoa tiene un total de 305 localidades, las principales y su población en 2020 son las que a continuación se enlistan: