Su cabecera es la localidad de Magdalena Yodocono de Porfirio Díaz.
El municipio está nombrado en honor al presidente de México Porfirio Díaz.
El municipio de Magdalena Yodocono de Porfirio Díaz colinda al norte con los municipios de San Vicente Nuñú y Santiago Nejapilla; al este con los municipios de Santo Domingo Tlatayápam y San Francisco Nuxaño; al sur con el municipio de municipio de San Pedro Tidaá; y al oeste con los municipios de San Miguel Achiutla, San Juan Achiutla y Santa María Nduayaco.
[3] El municipio de Magdalena Yodocono de Porfirio Díaz cuenta con tres localidades.
[4] El municipio de Magdalena Yodocono de Porfirio Díaz se rige mediante el sistema de usos y costumbres.