En 1982 hizo erupción el volcán Chichonal, que devastó su territorio, destruyó su antigua cabecera municipal y forzó la evacuación total de la población, por lo cual desde ese año hasta 1996 el municipio no tuvo ni ayuntamiento ni población permanente, encontrándose suspendidas sus funciones.

En 1869, los habitantes del Municipio participaron activamente en la sublevación indígena encabezada por el líder chamula Pedro Díaz Cuscat.

[5]​ El territorio municipal es atravesado por los ríos Magdalena, Tuspac, Nibisnupac, Susnubac, Suspac y Opac, todos ellos afluente del Río Grijalva,[6]​ hidrológicamente casi la totalidad del territorio pertenece a la Cuenca Río Grijalva - Villahermosa y un pequeño sector del extremo sur forma parte de la Cuenca Río Grijalva - Tuxtla Gutiérrez, ambas cuencas forman parte de la Región Hidrológica Grijalva - Usumacinta.

[7]​ El clima que se registra en Francisco León se encuentra clasificado como Cálido húmedo con lluvias todo el año,[8]​ las temperaturas promedio registradas en el año, fluctúan entre 24 y 26 °C, a excepción de pequeña zonas del oriente en donde son un poco menores, registrando entre 20 y 24 °C,[9]​ la precipitación pluvial promedio anual registra de 4,000 a 3,000 milímetros en las dos terceras partes del norte del territorio, mientras que en la tercera parte ubicada al sur es 3,000 a 2,000 mm.

[15]​ Desde 1982 hasta 1996 el municipio estuvo suspendido, sin elegir ayuntamiento y sin cabecera municipal, en 1996 se designó a Rivera el Viejo Carmen como nueva cabecera municipal y se rehabilitó al municipio.