[3]​ Tras su primera participación electoral en 1998 en que logró elegir a un único diputado, Otto Guevara, quien se convertiría en su principal referente, el partido gozaría de cierto protagonismo como principal fuerza a la derecha del espectro especialmente en las elecciones de 2002, 2006 y 2010.

Para sus detractores el ML había dejado de lado los ideales liberales y libertarios originales.

En las elecciones del año 2006, el ML logró un ligero aumento en su votación para presidente (8.5%) y la misma cantidad para diputados, obteniendo 6[cita requerida].

Casualmente, al igual que en el periodo anterior, uno de sus diputados se salió; la diputada Evita Arguedas renunció al Movimiento Libertario enemistada con Mario Quirós Lara y se declaró independiente.

[7]​ Guevara fue elegido candidato presidencial por cuarta vez el nueve de junio de 2013 por la Asamblea Nacional del partido, afirmando que realizaría una campaña sucia contra el candidato oficialista Johnny Araya.

[11]​ En ese año recibe la adhesión del histórico partido liberal Unión Nacional cuyo presidente Arturo Acosta se une al equipo de campaña.

[12]​ Tras las elecciones presidenciales de 2014, con Otto Guevara como su candidato presidencial por cuarta ocasión, el partido fue el cuarto más votado después de los partidos Acción Ciudadana, Liberación Nacional y Frente Amplio, aun cuando las encuestas le vaticinaban mayor respaldo.

[22]​[23]​[24]​ En 2017 el partido realizó su primera Convención Nacional (elección primaria) de su historia entre los precandidatos Otto Guevara en su quinto intento por aspirar a la presidencia del país,[25]​[26]​ y la diputada de 32 años Natalia Díaz, venciendo Guevara.

[27]​ Guevara, afectado por el escándalo del «Cementazo» y con escasos fondos debido a deudas contraídas en previas campañas, sufriría el peor resultado en su historia con tan solo 1.3% de los votos y sin obtener asientos parlamentarios.

[3]​ En la libertades personales apoyaba la maximización de los derechos individuales, haciendo respetar las garantías constitucionales al respecto y despenalizando progresivamente los delitos sin víctima (aquellos donde el Estado condena los acuerdos lícitos entre personas adultas) para que en cambio el Estado se ocupe de combatir con firmeza los delitos contra las personas y sus bienes.

[41]​ Guevara y su partido en general modificaron muchas de estas haciéndolas más moderadas, lo que llevó a la salida de varios fundadores del partido como Rigoberto Stewart y Raúl Costales.

En el ámbito económico, siguió abogando la reducción de la injerencia excesiva del estado en asuntos como telecomunicaciones y seguros, además de defender el libre comercio, posición que se reflejaría en su apoyo al TLC con los Estados Unidos.

Así mismo dejó de lado viejas posturas liberales del partido e hizo una campaña abogando por "mano dura" contra la delincuencia.

Acusaron a Guevara y al ML de haber abandonado el liberalismo.

[50]​ No obstante el partido no logró captar el voto conservador y pareció perder parte del apoyo tradicional de su base liberal pues su respaldo electoral disminuyó notablemente.

[51]​ Tras la salida de figuras como Otto Guevara y Federico Malavassi quienes fundaron el partido Unión Liberal el Movimiento Libertario giró más a la izquierda manteniendo posiciones más estatistas.