El género fue nombrado en 1993 por Kevin Padian, Armand de Ricqlès y Jack Horner,[1]​ siendo publicado de nuevo por los mismos autores en 1995[2]​ y descrito completamente en 2002.

El nombre científico de la especie significa "menor" en latín, en referencia al relativamente pequeño tamaño en comparación a sus parientes próximos.

Montanazhdarcho fue asignado por sus descriptores a la familia Azhdarchidae, mayormente basados en la forma alargada de la vértebra del cuello.

Comparado a otros azdárquidos, era pequeño; los fragmentos del húmero, radio y carpos sugieren un animal con una envergadura de 2.5 metros.

Su cúbito era más largo que el metacarpo del ala, lo cual es atípico para los azdárquidos.