En 1935 se realizaron intervenciones en las que desaparecieron el refectorio, los artesonados mudéjares del lado sur y la portada ojival lateral.

En el siglo XVIII se labró la sala capitular, diseñada en 1699 en estilo gótico.

El conjunto constructivo que se conserva en la actualidad forma una unidad bastante homogénea desde un punto de vista espacial al estar englobado todo en una misma edificación.

El conjunto se percibe unitariamente pero mostrando una cierta independencia entre iglesia y claustro a pesar de su unión.

Su diseño, concebido a modo de retablo, posee abundantes elementos decorativos en estilo gótico.

El profuso conjunto ornamental del acceso se completa con abundantes y minuciosos elementos geométricos, vegetales, zoomórficos y humanos, que se consideran influencia de la Catedral de Sevilla.

Cada una de las capillas laterales que se abren a la nave presentan arcos apuntados ligeramente abocinados con columnillas en las jambas.

Esta capilla mayor estuvo separada del resto de la iglesia por una gran reja.

En ella fue enterrada la hija mayor del duque fundador, Isabel de la Cerda, en una sepultura rodeada a su vez por su correspondiente reja.

Estos vanos conforman arcos apuntados con baquetoncillos en las jambas y tímpanos de tracería sobre finos parteluces.

Su emplazamiento es privilegiado y su formato resulta excepcional para la norma que se repite en esta iglesia.

Fue concedida en 1523 a don García de la Cerda y su esposa, doña Mayor Benítez.

La segunda capilla se dedicó a San Ildefonso y se llamó de la Puerta Chica, al comunicar con el acceso lateral de la iglesia, aunque pronto debió quedar condenada y su portada quizás inacabada.

La Hermandad de la Soledad usó esta capilla hasta 1868 en que se trasladó a la Prioral.

Queda una estancia en el lado de la Epístola, junto a la capilla mayor y equivalente a la capilla del Santo Cristo, en la que todos sus vanos están tapiados, salvo una pequeña puerta en la comunicación de la iglesia con el claustro.

A los pies del templo se sitúa el coro, elevado sobre un gran arco rebajado con bóveda estrellada.

Las aristas del cuerpo superior están talladas con columnillas rematadas por finos pináculos que no alcanzan su parte más alta.

En la cara oeste se conserva un reloj solar, en posición más elevada, entre los fingidos pináculos.

Actualmente dicha sala está formada por cuatro estancias cubiertas por bóvedas de crucería y con ventanales adintelados.

Las primeras constan de bóveda estrellada con tramos curvos, con la plementería formando hiladas redondas alrededor del polo.

La torre, que servía de campanario, sobresale del conjunto por su remate con tejado a cuatro aguas.

Actualmente ha perdido la escalera original y el antepecho de tracería ciega que la coronaba.

Las dependencias domésticas ocupaban el flanco oriental del conjunto, aunque han desaparecido por completo.

Otras alteraciones sustanciales se llevaron a efecto en el claustro donde se introdujeron divisiones arbitrarias, principalmente en las crujías sur y este, al objeto de atender las necesidades de la nueva utilidad penitenciaria.

Se construyeron forjados intermedios, algunos de los cuales, como los del ala sur, alcanzaron cuatro niveles, mientras que en el lado oriental se añadió un piso intermedio con la consiguiente destrucción de su bóveda.

Estos nuevos forjados se resolvieron con una viguería metálica que sostiene bovedillas de ladrillo.

En los últimos años el monasterio ha sufrido obras de adaptación para albergar usos culturales.