[1]​ Si bien la arquitectura data de comienzos del siglo XVII,[2]​[3]​ fecha en que fue ampliado,[3]​ ya existía un convento en el lugar desde al menos el siglo XV.

[5]​ Atendiendo a la tradición, el origen del convento, como tantas veces, está en una supuesta aparición de la Virgen[6]​ a dos caballeros hospitalarios que habían buscado refugio bajo un sauce durante una tormenta, y por el sauce, el apelativo de la Virgen.

En 1408 se creó el convento que mantendría su vocación ascética y daría paso a un complejo que comprendía una quincena de ermitas, donde los frailes podían aislarse.

El rey Felipe III, persona devota, se acercó por la Salceda en 1604 con su esposa, la reina Margarita, para rezar ante la Virgen de la Salceda, alojándose unos días en el cenobio.

En el siglo XIX sufrió un incendio (1827) y al poco, quedó afectado por la desamortización de 1835.