Durante la estancia del emperador en Yuste, numerosos personajes de la corte pasaron por allí para visitarle, entre ellos su propio hijo, el rey Felipe II.

En 1809, durante la Guerra de la Independencia Española, las dependencias del convento fueron incendiadas por las tropas francesas[2]​ y quedaron prácticamente destruidas.

En 1949, la Dirección General de Bellas Artes inició la reconstrucción del monasterio, procurando respetar al máximo el diseño y los proyectos originales.

La organización del claustro nuevo, de estilo renacentista, es similar al gótico.

La planta principal de la que fuera residencia del emperador es sencilla, estructurándose en un pasillo central con dos estancias a cada lado.

Estos son los primeros lugares españoles incluidos en esta lista del Patrimonio Europeo.

Este distintivo se otorga a bienes culturales, monumentos, enclaves naturales o urbanos, lugares con un interés cultural o histórico en Europa con el fin de protegerlos y promocionarlos.

El objetivo de la academia es difundir los valores culturales, históricos y sociales europeos.