[4]​[a]​ La condesa Elvira Sánchez casó con el conde Fernando Díaz, también del linaje de los Banu Gómez, hijo del conde Diego Fernández de Saldaña.

[6]​[7]​ Una inscripción epigráfica robada atestiguaba la fundación por la condesa Elvira Sánchez en 1063[1]​ en estos términos: Antes de desaparecer, la inscripción fue copiada por Miguel Ángel García Guinea en los años cincuenta, quien además transcribió otra lápida, igualmente desaparecida, que da cuenta de su refundación en el siglo XII: A la muerte de Elvira Sánchez, el monasterio pasó al patrimonio real y Alfonso VI de León lo cedió como dote a su segunda esposa, Constanza de Borgoña, hacia 1080.

A mediados del siglo XII, Rodrigo, hijo menor del conde Pedro González de Lara y su esposa Ava, se convirtió en prior del monasterio, algo insólito para un miembro varón de una familia aristocrática en Castilla.

En el siglo XIII se añadieron dos naves laterales, con los arcos apuntados típicos del estilo gótico.

En junio de 1931 sus ruinas fueron declaradas Monumento Histórico-Artístico, pero eso no evitó que los restos artísticos (capiteles, etc.) sufrieran ocasionales expolios.