El molino se construyó en el año 1727, con motivo de una prolongada sequía que afectó al Señorío de Vizcaya a principios del siglo XVIII.Una vez que la sequía hubo pasado, los molinos tradicionales volvieron a tener grano que moler y con el paso de los años el molino de Aixerrota se dejó de emplear con ese fin.Por otro lado, los molinos vizcaínos son bastante más recientes que los manchegos, pues mientras estos últimos datan de finales del siglo XVI, los vizcaínos fueron construidos en el XVIII.Actualmente y desde la remodelación de finales del siglo XX, el molino alberga una galería de pintura y, en el edificio anexo, un restaurante.En el año 2014, el escritor guechotarra Pedro Fernández Puig publicó la novela "Aixerrota, el legado del Irlandés", en la que manteniendo los elementos históricos de su época (el irlandés Edmundo O'Shea, o las machinadas) da vida a la aventura de su construcción (Ediciones Cívicas).
