Junto a Moldones atravesaba la vía romana que unía Astorga y Braga, y de la cual aún es perceptible su huella en el entorno de la localidad.

[3]​ Así, la historia arqueológica se esconde en los emplazamientos castreños del Castrillo de los Moros o Ciridueña, yacimientos cuya cronología se remonta a la Edad del Hierro, ratificando la antigüedad de los asentamientos humanos en zonas altas cercanas al río.

Durante la Edad Media Moldones quedó integrado en el Reino de León, cuyos monarcas habrían acometido la repoblación de la localidad dentro del proceso repoblador llevado a cabo en Aliste.

Tras la independencia de Portugal del reino leonés en 1143 la localidad habría sufrido por su situación geográfica los conflictos entre los reinos leonés y portugués por el control de la frontera, quedando estabilizada la situación a inicios del siglo XIII.

Así, al reestructurarse las provincias y crearse las actuales en 1833, la localidad se mantuvo en la provincia zamorana, dentro de la Región Leonesa,[5]​ integrándose en 1834 en el partido judicial de Alcañices,[6]​ dependencia que se prolongó hasta 1983, cuando fue suprimido el mismo e integrado en el Partido Judicial de Zamora.