A la edad de 18 años, Alou estaba más interesado en jugar al baloncesto durante su juventud, y no jugó béisbol organizado hasta que asistió al Cañada College en Redwood City, California.En 1986, Alou fue la segunda selección del draft amateur, elegido por los Piratas de Pittsburgh.En 1990, fue cambiado a los Expos de Montreal, donde más tarde jugaría con su padre mientras este dirigía el equipo.Alou lideró el equipo bateando .321 con tres jonrones y nueve carreras impulsadas en la Serie Mundial.Una vez recuperado, volvió a la alineación de los Astros para batear .355 en el 2000 y .331 en 2001, mientras remolcaba al menos 108 carreras en cada temporada.Después de la temporada 2001, los Astros no le ofrecieron un nuevo contrato a Alou, convirtiéndose en un agente libre.Alou admitió abiertamente más tarde en las entrevistas que, aunque se sentía frustrado por el momento, no podría haber capturado la bola de todos modos.Los Cachorros se negaron a ofrecerle arbitraje y lo dejó libre, citando numerosas peleas con los umpires los que según él tenían una algo en su contra.Alou esperaba jugar con regularidad en el jardín derecho por primera vez desde 2001, pero debido a lesiones del jardinero izquierdo Barry Bonds, comenzó la mayoría de los juegos en el jardín izquierdo.Decide retirarse como Gerente General del equipo debido a la hostilidad de los fanáticos y la inseguridad que sufre el país, la cual no le permitía siempre viajar a los juego en el interior.