Se inició jugando en el club Copenhague, luego pasaría al Midtjylland de Dinamarca donde se convirtió en el máximo goleador de dicha temporada.

FSV Mainz 05 de Alemania, marcando 9 goles en 26 partidos.

Finalmente, en el 2008, Mohamed Zidan abandonó la disciplina del Hamburgo.

[2]​[3]​ En la temporada 2013-2014 ya que no tiene equipo le pidió al Borussia Dortmund que lo dejaran entrenar Además participó en la Copa de África 2008, donde Egipto llegó a la final y logró el título tras vencer por 1-0 a Camerún.

Zidan fue considerado como uno de los mejores jugadores del torneo.