Los 5 equipos que se clasificaron para la Copa Mundial de Fútbol de 2002 (Camerún, Nigeria, Senegal, Sudáfrica y Túnez) pasaron directamente a la segunda fase.

Esto ocurrió también con los cuatro equipos que estaban en las mejores posiciones del ranking FIFA al 25 de junio de 2003, que fueron Marruecos, Egipto, la República Democrática del Congo y Costa de Marfil.

Angola, Argelia, Benín, Botsuana, Burkina Faso, Cabo Verde, Congo, Gabón, Ghana, Guinea, Liberia, Libia, Kenia, Malaui, Malí, Ruanda, Sudán, Togo, Uganda, Zambia y Zimbabue se clasificaron para la siguiente ronda.

Además, los tres primeros clasificados obtendrían la clasificación directa para la Copa Africana de Naciones de 2006, disputada en Egipto.

Egipto tenía asegurada su clasificación para la Copa de África, por lo que Libia pudo clasificarse quedando en el cuarto lugar del grupo.