En ella han trabajado diversos arqueólogos entre los que destaca Leopoldo Batres (1852-1926), quien descubrió cimientos zapotecos bajo las decoraciones mixtecas existentes.

En el siglo XVI se construyó sobre las habitaciones y patio del cuadrángulo C el templo católico de San Pablo.

Para el acceso a la casa cural se construyó un pórtico sostenido por dos columnas monolíticas procedentes del conjunto mayor al Sur.

Está integrado por tres cuadrángulos o patios de diferentes dimensiones cada uno (D,E,F).

Este sector está ubicado sobre una escalinata monumental que da acceso al Patio E.

Las fachadas y los muros interiores están ornamentados con frisos de grecas que forman diversos diseños geométricos.

La edificación cuenta con cuatro habitaciones cerradas, cada una con una sola entrada, propiciando que muchas de las actividades cotidianas se realizaran en el patio exterior.

Ambas tumbas fueron exploradas entre 1900 y 1902 por Marshall Saville a pesar de haber sido saqueadas con anterioridad.

En la tradición prehispánica mesoamericana, los códices son documentos que narran las historias de las etnias, pueblos, genealogías o personajes.

La tradición artística que los caracteriza ha dado lugar a una discusión sobre la posible presencia mixteca en esta zona netamente zapoteca.