[4]​ Aproximadamente entre los siglos XIV y XV a. C., tuvo lugar el primer desarrollo urbano importante de la cultura, con centro en San José Mogote.

Una jerarquía de sacerdotes regulaba los ritos religiosos, que a veces incluyeron sacrificios humanos.

Ellos tenían un gran centro religioso en Mitla y una magnífica ciudad en Monte Albán, donde prosperó una civilización altamente desarrollada, posiblemente hace más de dos mil años.

Ellos cultivaron varias especies de chile, frijol, calabaza, cacao y, el más importante de todos: el maíz que a principios del periodo clásico daba sustento a numerosas aldeas.

Para tener buenas cosechas rendían culto al sol, la lluvia, la tierra y el maíz.

Las grandes ciudades que construyeron los pueblos agrícolas de Mesoamérica, crecieron y estuvieron habitadas durante varios siglos.

A pesar de eso, florecieron nuevos centros ceremoniales como Cacaxtla y El Tajín.

Otra creencia llamada "nahualismo" consistía en que los magos oscuros aprovechaban su "tótem" y se convertían en animales para hacer maldades o bondades en la noche.

Monte Albán es un conjunto arquitectónico sagrado que se suma a las costumbres religiosas de los pueblos mesoamericanos.

Además existen inscripciones epigráficas datadas entre el 400 a. C. y el 900 d. C. En Mitla, otro lugar con testimonios de este pueblo, subsisten pinturas murales plasmadas sobre fondo rojo que representan el águila, los dioses nocturnos y a Cocijo.

En Hierve el Agua, los zapotecas crearon un sistema de riego artificial único en Mesoamérica.

Los zapotecos desarrollaron un calendario y un sistema logofonético de escritura que utilizaba un carácter individual para representar cada sílaba del lenguaje.

Otras ruinas precolombinas importantes incluyen Lambityeco, Dainzu, Mitla, Yagul, San José Mogote, y Zaachila.

A medida que la población crecía, también lo hacía el grado de diferenciación social, la centralización del poder político y la actividad ceremonial.