Durante la década de los ochenta por la situación de guerra civil se dejó de hacer el concurso nacional, mediante un permiso especial otorgado por la organización Miss Universo se escogía la representante a puerta cerrada, este sistema comenzó desde 1987 reanudándose el concurso nacional en 1998 y nuevamente transmitido por TCS.
El 2003 marco el último año en el cual la organización Miss El Salvador deja la asociación con Telecorporación Salvadoreña para la transmisión del concurso, por lo cual en 2004 y 2005 es transmitido a través de Canal 12, creándose un reality llamado “Rumbo a la Corona”, donde por varias semanas se descalificaba a una de las aspirantes dejando 14 para la gala final.
Esta asociación con Canal 12 dio más realce al concurso y dando como resultado desde hace años, a una semifinalista en un concurso de belleza internacional, Irma Marina Dimas Pineda, se colocó en 2005 como finalista de Miss Tierra.
En 2006 la organización tuvo problemas para renovar la franquicia con Miss Universo por lo que la pierde y esta es adquirida por Telecorporación Salvadoreña.
La organización hasta la fecha no ha dado ninguna semifinalista en los concursos importantes, solamente Rebeca Moreno, tiene la mención de haber ganado Miss Simpatía de Miss Universo en 2008.