Luego del Laudo Serrato, que unificó la administración de fútbol uruguayo, Miramar y Misiones fueron incorporados por el Consejo Provisorio de la AUF (1926) y llegaron a disputar entre sí durante décadas el partido clásico de la Estación Pocitos, tanto en las divisionales Extra, Intermedia e incluso en Primera B.

En 1976 Miramar probó suerte fusionándose con el club Albion y formando el "Albion-Miramar" , equipo que compitió en la Divisional "B" durante esa temporada, pero desarmándose luego.

Luego del descenso de 2008 Miramar Misiones se estabilizó en Segunda División logrando esporádicas participaciones en Primera, donde finaliza último las dos veces (2010-11 y 2013-14).

En el año 2018 no se logra mantener la categoría en la Segunda División Profesional y para peor deja de competir durante 2019 por problemas económicos.

Al cumplir con lo adeudado, el club quedó habilitado nuevamente a partir de la temporada 2020 desde la Primera División Amateur.

En 2021 se transfiere el activo fútbol a una SAD formada por la empresa TMA de Edgardo Lasalvia.

[6]​ Ya de regreso al profesionalismo en Segunda División en 2022, accede a los play-offs por el tercer ascenso pero es eliminado por Cerro en semifinales.

[7]​ El escudo está compuesto por unos círculos blancos y rojos, con las siglas del club en el medio: "C.S.M.M."

Los apodos del club son: "cebritas" (por la camiseta a rayas blancas y negras similar a la piel de las cebras) y "monitos" (por la cercanía del club al Zoológico de Villa Dolores).