En 1936, se convirtió en el Primer Secretario del Comité Central del Komsomol y ocupó el cargo hasta 1938.

Este período estuvo marcado por su incorporación a la troika especial del NKVD, creada por la orden No.

[3]​ En 1938, se convirtió en el tercer secretario del Comité Central del Partido Comunista de la RSS de Azerbaiyán.

Dos años más tarde, en abril de 1952, fue elegido Primer Secretario del Comité Regional de Bakú.

Yakubov interpuso recurso de apelación contra esta decisión, pero tras su consideración, se confirmó la decisión de expulsión.