[1]​ Nacido en Quba, en la Gobernación de Bakú, en 1896, Baghirov estudió pedagogía en Petrovsk.

En su discurso final ante el tribunal, de diecisiete minutos de duración, aprobó la condena y rechazó apelar a ningún perdón.

[2]​[3]​ Según algunas fuentes, fue deportado a Siberia antes de ser fusilado.

Hacia 1940 se estimaba en 70.000 azeríes fallecidos como resultado de las purgas llevadas a cabo bajo Baghirov.

Baghirov envió a su hijo, Vladímir (Jahangir) Baghirov, piloto militar, a la Fuerza Aérea Soviética, para combatir contra la Alemania nazi, donde cayó muerto en batalla en junio de 1943 tras chocar deliberadamente su avión contra un aeroplano alemán.