Originalmente, el organismo también tuvo bajo su cartera la gestión en materia de culto, en relación con la Iglesia católica y la Santa Sede[2].Sin embargo, a medida que el Consejo Nacional de Educación creció en autonomía e injerencia a nivel nacional, acabó por laicizarse con el traspaso de los asuntos religiosos al Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto en 1898[3][4].En 1966, Juan Carlos Onganía, desdobló nuevamente ambas funciones, estableciendo un ministerio para cada una, manteniéndose hasta 1983.Durante los ocho días que duró la presidencia de Adolfo Rodríguez Saa se restableció la autonomía del Ministerio de Justicia.La reforma de la Constitución Nacional realizada en 1994 estableció en el nuevo artículo 100 respecto de los ministros secretarios que su “número y competencia será establecida por una ley especial”.
Escuela de Buenos Aires que conserva en su fachada el nombre del antiguo ministerio.
