La primera persona al mando del ministerio fue la licenciada Margarita Cedeño Gómez.

[1]​ El Ministerio está organizado en coordinaciones generales, viceministerios y subsecretarías, con la Oficina Ministerial en la cima.

Estas divisiones se encargan de la planificación, la administración, las TIC, el cumplimiento y el asesoramiento legal.

El Viceministerio de Inclusión Social se enfoca en el desarrollo infantil temprano, la gestión intergeneracional, la protección especial y las discapacidades.

Las corporaciones requieren un mínimo de cinco fundadores, mientras que las fundaciones pueden ser formadas por una sola persona.