Esto sucedió debido a que existía un acuerdo con el gobierno zacatecano de enviar a un equipo de fútbol profesional a esa entidad, y apoyado también por el hecho de que en Guadalajara había demasiada competencia, ya que también se encontraban los equipos de Chivas, Atlas y Leones Negros.
[2] Con este hecho culminaría el proceso de mudanza del equipo al Estado y el club tendría concreto todo su esquema de fuerzas básicas.
En total, el equipo ha ganado dos campeonatos de filiales en la Tercera División, lográndolo con un bicampeonato.
El primero fue en la Temporada 2014-15, cuando tenía como sede el Estadio 3 de marzo, ante Cruz Azul Jasso por un marcador global de 4 - 1, y el segundo en la Temporada 2015-16, ya en Zacatecas, ante Tigres SD por un marcador global 5 - 5, y ganando 4 - 2 en la tanda de penales.
A partir de la temporada 2015-16, la directiva decidió trasladar a los equipos filiales de Mineros en Segunda y Tercera División a Zacatecas para poder tener su esquema de fuerzas básicas en la entidad.