Estuvo situada en pleno territorio de la celtiberia.

Poco después, tras la reconquista de Molina por este mismo rey, en 1129, y su consecutiva entrega a Manrique de Lara, Milmarcos quedó incluido en este territorio.

Durante la Edad Media perteneció al señorío de Molina, adquiriendo la titulación de villa ya en tiempos modernos.

Hacia mediados del siglo XIX, el lugar tenía contabilizada una población de 397 habitantes.

En la localidad se encuentra una iglesia parroquial bajo la advocación de San Juan Bautista.