Es el hijo mayor del que fuera también futbolista y entrenador Periko Alonso.

A pesar de debutar en Primera siguió jugando en el filial hasta finalizar la temporada siguiente (2001-02).

Con la Real Sociedad ha jugado 111 partidos oficiales (103 de ellos en la Primera división española) y ha marcado 4 goles (2 en Liga).

Cara a la temporada 2007-08 en Segunda división, la Real Sociedad cedió a Mikel Alonso por un año al Bolton Wanderers de la Premier League inglesa con una opción de compra al finalizar la cesión.

[1] El jugador no llegó a disputar un solo minuto con la Real Sociedad durante la temporada 2008-09.

Finalmente Alonso llegó a un acuerdo para rescindir su contrato con la Real Sociedad en noviembre.

Tras prolongar su contrato con el Tenerife, en la temporada 2009-10 el centrocampista vasco volvió a jugar de nuevo en la Primera división española.

Sin ser titular indiscutuble, sí llegó a jugar un importante número de partidos y marcó un gol.

Sin embargo CD Tenerife no pudo cumplir el objetivo de mantener la categoría y descendió al finalizar la campaña.

Sin embargo en toda la temporada no disputó un solo encuentro con el Charlton en ninguna de las dos principales competiciones (Liga y Copa) y tan solo disputó dos encuentros más en la Copa de la Liga.