La compatibilización del cargo empresarial con el de mandatario eclesiástico dio lugar a frecuentes debates entre la sociedad y la opinión pública local y nacional.

Este hecho y la lucha por el cambio legislativo sobre cajas de ahorros le llevaron a un enfrentamiento abierto con la Consejera de Economía de la Junta, Magdalena Álvarez, en la que Castillejo consiguió sus objetivos, aunque sólo temporalmente.

Fue en esta época cuando emprendió numerosas operaciones inmobiliarias y especulativas con el empresario Rafael Gómez Sánchez "Sandokán"'.

[3]​ El 1 de junio de 2005 renunció a su cargo en la entidad del que fue reemplazado por un nuevo eclesiástico, Juan Moreno Gutiérrez.

Diversas fuentes achacan dichas irregularidades a la gestión de Miguel Castillejo.