En ese mismo año se mudó a Guadalajara, para probarse en Chivas, incluso recibió los elogios de los entonces jugadores Oswaldo Sánchez y Jonny Magallón que fueron invitados especiales para el torneo de categorías inferiores de Chivas en 2006.

Guadalajara en los últimos tiempos es un club que ha trabajado muy bien en las Fuerzas Básicas, así lo han demostrado en las diferentes categorías del balompié nacional.

El 24 de abril de 2010, debido a diversas circunstancias que se presentaron, Miguel Ángel Ponce debutó en la máxima categoría como titular.

Miguel Ponce, participó en la Copa Libertadores 2010, debido a la ausencia de varios de los jugadores titulares, Miguel Ponce ganó su puesto titular en el club; debido a un trabajo aceptable en el plantel.

El 11 de abril de 2018, llega a su primera final con Necaxa en la Copa MX, jugando los 90 minutos, convirtiéndose en campeón por tercera ocasión, y primera vez con los rayos del Necaxa.