Maestlin estudió teología, matemáticas, astronomía en el Tübinger Stift en Tubinga, ciudad del ducado de Wurtemberg.
Obtuvo la maestría en 1571 y en 1576 se ordena diácono luterano en Backnang, mientras continuaba sus estudios.
[1] Aunque al principio Maestlin enseñaba la representación geocéntrica del sistema solar, siguiendo a Ptolomeo, fue también uno de los primeros en aceptar y enseñar la concepción heliocéntrica de Copérnico.
Se escribía frecuentemente con Kepler y jugó un papel decisivo en la adopción por este del sistema copernicano.
[2] El primer cálculo conocido del inverso del número áureo, que da un valor de «alrededor de 0,6180340», fue escrito por Maestlin en una carta a Kepler.