Se hizo acreedor, en el 2020, al Premio Nobel en Fisiología o Medicina por su «contribución decisiva a la lucha contra la hepatitis de transmisión sanguínea» con el «descubrimiento del virus de la hepatitis C», junto con Harvey James Alter y Charles M.
[5] Sin embargo, esta investigación ha sido cuestionada por no demostrar patogenicidad, en otras palabras, que el virus identificado por Houghton en realidad causa hepatitis.
En el 8º Congreso Internacional del VHC en París en 2001, Houghton exclamó exasperado: "¿Dónde está el virus de la hepatitis C?
El co-receptor del Nobel Charles Rice publicó artículos en los que se afirmaba una respuesta a esta pregunta.
En otros estudios publicados durante el mismo período, Houghton y colaboradores relacionaron la hepatitis C con el cáncer de hígado.