[3]​ La mezquita está situada en lo que alguna vez fue la avenida principal y el corazón ceremonial de El Cairo, en las inmediaciones de los palacios califales fatimíes, conocida hoy como calle Al-Muizz.

[4]​[5]​ Inició una serie de reformas y revivió los aspectos ceremoniales del califato, tanto en la corte como en público.

[8]​ El emir mameluco Yalbugha al-Salimi restauró la mezquita en 1393[4]​ o 1397[8]​ y añadió un minarete (que se derrumbó en 1412 y luego fue restaurado) así como puestos de venta a la derecha de la entrada.

Esta renovación ha sido criticada por sacrificar algunos elementos históricos de la mezquita, especialmente en su interior.

[4]​[8]​[6]​ La mezquita ha sido llamada como "seminal"[4]​ en la historia arquitectónica de El Cairo.

La mezquita de al-Aqmar fue la primera en tener una decoración lujosa en toda la fachada.

“Mahoma y Alí” ocupan el centro del medallón rodeado por una inscripción coránica.

La rejilla está formada por una estrella radiante de seis puntas con una lámpara colgando en el centro.

[12]​ Un argumento más plausible propuesto por otro erudito es que la ventana representa un shubbāk, la rejilla desde la que el califa se apareció al público en ocasiones ceremoniales fatimíes, simbolizando específicamente una reja famosa tomada por los fatimíes del palacio de sus rivales abasíes en Bagdad y colocado como emblema de la victoria en el palacio vecino.

Falta gran parte de la inscripción, pero lo que aún sobrevive menciona al califa reinante al-Amir, su padre al-Mustaʿli y el visir al-Bata'ihi.

La parte superior del minarete de al-Salimi cayó en 1412 y fue reemplazada por un remate cilíndrico muy probablemente durante el período otomano.