En estos años los gobernadores árabes, fortaleciendo las torres de esta ciudad antigua empezaron la construcción de las estructuras nuevas en este territorio.
La primera construcción de la Mezquita Juma empezó al final del siglo XII.
Evliya Çelebi, el escritor y viajero otomano que visitó Şamaxı en el año 1656, en su trabajo informó aproximadamente algunos cambios estructurales de Mezquita Juma durante la época de Dinastía Safávida.
La cuarta reconstrucción empezó después del terremoto más fuerte en 1902.
En 1918 la Mezquita Juma, la cual no fue plenamente construida, otra vez sufrió el incendio, hecho por las unidades armadas del partido armenio, “Dashnaktsutiun” bajo el guiaje de Stepan Lalayan.