en Japón mientras que en América y Europa salió en la recopilación Metroid Prime Trilogy.
Samus acepta la misión, sin embargo al entrar en la atmósfera del planeta su nave es dañada por una tormenta eléctrica.
No muy lejos del lugar de aterrizaje, cuando exploraba una caverna, encuentra un portal interdimensional.
Tras pasar por las Tierras del Templo y haber hecho frente a un enjambre de esquirlas oscuras, una Esquirla Alfa y su versión oscura, Samus se encuentra con un habitante llamado U-Mos cuya raza son los Luminoth (Luminarios), U-Mos le cuenta que el planeta ha sido atacado por una raza alienígena denominada los Oscuros y que está a punto de ser dominado por la maldad y oscuridad de la Horda, además de que los Oscuros han acabado casi con todos los Luminoths exceptuando unos cuantos en estado de hibernación para que cuando la guerra contra la Horda termine, despierten.
Las regiones que se visitan del planeta son: Una vez más, Samus tiene acceso a un amplio repeetorio de armas e ítems varios para progresar en su aventura.
Nuevamente Samus tiene acceso a un gran almacén de datos necesarios para cumplir con éxito la misión.
Entre las mejoras que ofrecerá está versión se encuentran un sistema de control que utiliza el mando de Wii y el Nunchuk como en Metroid Prime 3: Corruption o, más reciente, New Play Control!