En 2015 se lanzó en PlayStation Network para descarga cross buy en PS3, PS Vita y PS4.
Morden, quien había retomado el poder, intentaba un nuevo golpe de Estado, pero las fuerzas gubernamentales descubrieron sus planes a tiempo y frustraron el ataque.
Aunque los seguidores del general Morden lo consideran "desaparecido", se han escondido por todo el mundo.
Durante la intensa lucha contra los rebeldes, Marco y Tarma sospechan que Morden está involucrado en un nuevo plan para dominar el mundo.
En esta, se agregan nuevos slugs en las distintas misiones: También, los personajes de Metal Slug 2 y Metal Slug X aparecen nuevamente en esta saga, siendo ellos Marco Rossi, Tarmicle Roving III, Fio Germi y Eri Kasamoto.