El club y sus aficionados por igual se apodan Šošoni (por la tribu de los Shoshón).
La siguiente campaña el club terminó colista y perdió la categoría, aunque regresó a la élite un año después.
Con Milan Lešický en el banquillo, el club revalidó su título la temporada 2002/03, y nuevamente Mintál (traspasado al término del campeonato) fue el máximo goleador de la Corgoň Liga.
Finalmente, en la última jornada, el MSK ganó su tercer título consecutivo gracias a un mejor gol-average con el FK Dukla Banská Bystrica.
La temporada 2006/07 el club sumó su cuarto título de liga tras dominar cómodamente el torneo, siendo derrotado sólo en dos partidos.