[1] Pekarík, nacido en Žilina, empezó a jugar fútbol en las divisiones menores de su club local.
Sin embargo, su debut en la Corgoň Liga fue con el club ZŤS Dubnica.
En su primera temporada disputó 27 partidos y volvió al MŠK Žilina en verano de 2005.
Logró ganar la Superliga de Eslovaquia en la temporada 2006-07, tras participar en 37 partidos.
Hasta 2024, lleva disputados 134 partidos internacionales y ha anotado dos goles.