Hubočan, nació en Eslovaquia (antigua República Socialista de Checoslovaquia).
En 2004 pasó a formar parte de la primera plantilla del club.
Después de su cesión regresó en junio al MŠK Žilina.
En verano Hubočan conquistó otro título con su club, la Supercopa de Europa, donde su equipo se impuso al Manchester United F.C.
Su debut no fue bueno, ya que Tomáš Hubočan marcó en propia puerta a los tres minutos de juego.