Más recientemente, se ha considerado que más que una unidad taxonómica, el término mesozoo se referiría a un nivel o modelo de organización de los metazoos.

[1]​ Tampoco son ya considerados como los antecesores del resto de animales.

Los mesozoos están considerados un taxón polifilético debido a que los análisis moleculares encontraron que Placozoa se situaría como un grupo basal de los animales y Rhombozoa y Orthonectida se situarían dentro del clado Spiralia.

Los análisis moleculares recientes volverían a retomar la polifilia de Mesozoa porque han concluido que los ortonectidos son anélidos altamente simplificados, ya que se encontraron anidados dentro de estos, con lo cual Annelida ya tendría un filo más incluido en su conjunto.

[3]​[4]​ En general se han encontrado como más cercanos a Rouphozoa y Kamptozoa.