El género fue nombrado en 1989 por James Jensen y Kevin Padian.
Restos posteriormente asociados incluyen huesos de los brazos, la cintura escapular, vértebras (incluyendo cervicales y sacrales), y fémures.
[1] Material adicional fue descrito en 2004 (incluyendo un neurocráneo parcial)[2] y 2006; en la última publicación, los autores sugirieron que su contemporáneo mayor Kepodactylus podría ser el mismo animal, aunque tenía algunas diferencias menores.
[3][4] Jensen y Padian clasificaron a Mesadactylus como un pterodactiloide.
En 2007 S. Christopher Bennett afirmó que el holotipo y el material referido provenían de formas diferentes y que, aunque la última fuera ciertamente de naturaleza pterodactiloide, el sinsacro pertenece a un miembro de la familia Anurognathidae.