En 1992 un equipo del Museo de Historia Natural de Denver excavó un espécimen del dinosaurio Stegosaurus stenops en Garden Park, Colorado.
En 1996 Jerald Harris y Kenneth Carpenter nombraron el nuevo género.
El nombre de la especie significa "inesperado" en latín, aludiendo al hecho de que los investigadores esperaban hallar un dinosaurio, no así a un pterosaurio.
El género está basado en el holotipo DMNH 21684, consistente de una vértebra cervical, un húmero, varios huesos de los dedos, y un metatarso.
Kepodactylus era similar a Mesadactylus pero mayor (la envergadura era de cerca de 2.5 metros), y con forámenes neumáticos adicionales (huecos que permitían entrar aire de los sacos aéreos a los huesos) en los vértebras y húmero.